Škola pracuje podle ŠVP – Zdravá škola rodinného typu.
Základní škola v Lužnici je malotřídní škola venkovského, rodinného typu s kapacitou 25 žáků. Škola je jednotřídní s pěti postupnými ročníky, je plně vybavena výpočetní technikou a interaktivní tabulí. Pro větší efektivitu výuky jsou ročníky rozděleny do dvou tříd, vždy 1. a 2. ročník v jedné skupině, 3., 4. a 5. ročník ve skupině druhé.
Kromě učeben jsou pro výuku k dispozici i prostory školní družiny, cvičná kuchyňka a tělocvična. Děti jsou vedeny k práci ve skupině, vzájemné pomoci a porozumění, individuálním zvláštnostem druhých. Svým umístěním je výuka vhodná ke studiu přírody a její ochrany. Nejen k těmto účelům máme připravenou i přírodní učebnu, umístěnou na školní zahradě. Ve spolupráci s rodinou chceme učit žáky takové znalosti a dovednosti, které budou dobře uplatitelné v každodenním životě. Vedeme žáky k dodržování stanovených pravidel, zejména pravidel školního řádu, pravidel silničního provozu a pravidel soužití mezi lidmi. Věnujeme stejnou péči žákům nadaným i těm, kteří potřebují větší podporu a vedení. Snažíme se o integraci žáků s různými specifickými vývojovými poruchami. Ke každému žáku přistupujeme individuálně. Abychom co nejvíce eliminovali problémy děti ve čtení, matematice úzce spolupracujeme s Pedagogicko – psychologickou poradnou v Jindřichově Hradci nebo s jiným specialisty v okolí. Na základě doporučení poradny realizujeme hodiny pedagogické intervence. Pro žáky, kteří z jakýchkoli důvodů nestíhají vstřebávat běžné učivo, nebo naopak zvládnou učivo mnohem snadněji a rychleji než ostatní spolužáci, připravujeme Plány pedagogické podpory, v nichž upravujeme požadavky takřka na míru dítěte.
Pro lepší informovanost mezi žáky, učiteli a rodiči používáme týdenní plány. Žáci vždy v pondělí dostávají týdenní plán, ve kterém se dozvědí, co se budou nastávající týden učit, co je čeká a nemine, jaké mají mít domácí úkoly, jaké budou potřebovat pomůcky. Rodiče se dozvědí, jaké akce žáky čekají. Na konci týdne si každý žák zhodnotí svou práci a učitel zhodnotí práci žáka. Žáci se tak učí plánovat si svou práci, učí se sebehodnocení. Učitelé mají zpětnou vazbu, jak a zdali žáci zvládli probírané učivo, na co je potřeba více se zaměřit a co již žáci zvládli. Jsme přesvědčeni, že používání týdenních plánů je pro žáky přínosem.
Využíváme všech forem výuky: individuální, skupinové i frontální. Využíváme polohy obce k pohybové aktivitě dětí. K tomu je nejvíce využívána školní zahrada a obecní hřiště v blízkosti školy.
Za příspěvku Nadace Partnerství, Zelené oázy a veliké pomoci rodičů, pedagogů a dětí byla na obecní zahradě u školy vybudována přírodní zahrada. Jedná se o zahradu s okrasnými květinovými záhony, vodními prvky, pocitovým chodníčkem, ohništěm, malou strání na bobování a další spoustou přírodních herních prvků. Neméně oblíbené, hlavně pro děti z mateřské školy, je i přírodní pískoviště a dopravní hřišťatko určené k jízdě na koloběžkách a tříkolkách.

Účastníme se mnoha projektů:

• Šablony 2017 – „ZŠ a MŠ Lužnice v matematických číslech“
• Zahradníkův (k)rok

Škola spolupracuje s těmito spolky a organizacemi:

• místní knihovna v Lužnici
• městská knihovna Třeboň
• Nadace pro Vydru Třeboň
• místní Osvětová Beseda
• Rybářství Třeboň
• TJ Jiskra Třeboň
• DTJ KONDOR Lomnice nad Lužnicí
• Hasiči Třeboň, Lužnice, Lomnice nad Lužnicí
• Cassiopeia České Budějovice
• Přírodní zahrady Jindřichův Hradec